O Concílio Vaticano II afirma que há uma ordem ou hierarquia de verdades no ensinamento da Igreja, segundo o seu
nexo com o fundamento da fé cristã. Alguns conteúdos são mais importantes por estarem estreitamente ligados a
este fundamento. Outros, por sua vez, são menos importantes por estarem estão menos ligados a ele (
Unitatis
Redintegratio
, n.11). Para o papa Francisco, esta ordem é válida tanto para os dogmas de fé como para os demais
ensinamentos da Igreja, incluindo a sua mensagem moral. Nesta, há uma hierarquia de virtudes e ações. A
misericórdia é a maior das virtudes. As obras de amor ao próximo são a manifestação externa mais perfeita da graça
interior do Espírito. Os preceitos dados por Cristo e pelos Apóstolos ao povo de Deus são pouquíssimos. E os
preceitos adicionados posteriormente pela Igreja devem ser exigidos com moderação, para não tornar pesada a vida
aos fiéis e nem transformar a religião numa escravidão (
Evangelii Gaudium, n. 36-37 e 43). O fiel deve ter em mente
sobretudo viver o amor ao próximo e a misericórdia, e que sua conduta seja tradução destes valores.

Além disso, a Igreja preza a liberdade de consciência, que é o direito de a pessoa agir segundo a norma reta da sua
consciência, e o dever de não agir contra ela. Nela está o “sacrário da pessoa”, onde Deus está presente e se
manifesta. Pela fidelidade à voz da consciência, os cristãos estão unidos aos outros homens no dever de buscar a
verdade, e de nela resolver os problemas morais que surgem na vida individual e social (
Gaudium et Spes, n. 16).
Nenhuma palavra externa substitui a reflexão e o juízo da própria consciência. O 
Catecismo aprofunda este
ensinamento e cita o cardeal Newman: “a consciência é o primeiro de todos os vigários de Cristo” (n. 1778). É ela
quem primeiro representa Cristo para o fiel. Ciente disto, se o fiel julga que deve viver sua homossexualidade ou
transexualidade, então que a viva.